ישנם מספר מסלולים עיקריים של משכנתאות הניתנות בבנקים. לכל מסלול תנאי ריבית והצמדה שונים ומתאימים לתנאי שוק ולנתוני לווה אחרים.
מסלול ריבית קבועה
מסלול זה ניתן בדרך כלל לתקופה קצרה כאשר שיעור הריבית הינו קבוע לאורך התקופה ומכאן היתרון של מסלול זה – אי הוודאות קטנה יותר מכיוון שגובה ההחזר החודשי ידוע מראש ואינו משתנה כתוצאה משינויים בתנאי השוק.
לעומת זאת, מכיוון שהגוף המלווה מגדיר מראש ריבית קבועה, הוא יקבע ריבית בשיעור גבוה יותר מאשר במסלולים אחרים על מנת לפצות את עצמו על הסיכון שהוא לוקח לגבי שינוי בתנאי השוק ומכאן החסרון של מסלול זה.
מסלול ריבית משתנה
במסלול זה הריבית משתנה אחת למספר שנים לפי התנאים שנקבעו בחוזה המשכנתא מראש. מסלול זה הינו צמוד למדד המחירים. כאשר תקופת שינוי הריבית מגיעה ההחזר החודשי נעשה גבוה יותר לרוב. המסלול מתאים לתקופות בינוניות עד ארוכות.
מסלול ריבית פריים
מסלול בו ריבית המשכנתא נקבעת על בסיס חודשי בהתאם לריבית הפריים שמעודכנת ע"י בנק ישראל בכל חודש. במסלול זה החזר הקרן הינו קבוע לאורך כל תקופת המשכנתא ואילו התשלום על הריבית משתנה כך שההחזר הסופי יכול לעלות או לרדת לפי החלטת נגיד בנק ישראל.
במסלול זה אין הצמדה למדד והוא נחשב למסלול בעל סיכון גבוה עקב חוסר הודאות לגבי גובה ההחזר החודשי, אולם בתקופות בהם ריבית הפריים נמוכה ההחזרים החודשיים במסלול זה הינם נמוכים במיוחד. בשנים האחרונות לאחר המשבר הפיננסי של שנת 2008 ריבית הפריים ירדה במדינת ישראל והגיעה לשפל של כל הזמנים, דבר שהוביל לכך שהמסלול היה פופולארי במיוחד בקרב נוטלי משכנתאות ובעיקר בקרב משקיעים. לאחרונה, בנק ישראל החל להעלות את ריבית הפריים ובמקביל להטיל מגבלות על משכנתאות מבוססות פריים. בעקבות פעולות אלו ירד אחוז המימון שנוטלי משכנתאות לוקחים על בסיס מסלול הפריים.
מסלול צמוד מדד
מסלול בו קרן ההלוואה צמודה למדד המחירים לצרכן. ההחזר החודשי יכול לעלות במידה והמדד עולה וגם יכול לרדת אך לא מתחת לשיעור מדד הבסיס בזמן החתימה על החוזה. המדד מתפרסם מדי חודש ומורכב מסל מחירי הסחורות והשירותים המהווים את הצריכה העיקרית של הצרכנים כגון: דיור, מזון, ביגוד, דלק, מכשירי חשמל ועוד. מסלול זה מתאים ללווים שישנה התאמה בין כושר ההשתכרות שלהם לבין כוח הקנייה שלהם המתבטא בשיעור השינוי במדד המחירים.
מסלול צמוד מטבע חוץ
מסלול בו ההחזר החודשי צמוד למטבע חוץ, בדרך כלל דולר או יורו. הריבית במסלול זה משתנה על בסיס ריבית הלייבור המפורסמת בבריטניה כל שלושה עד שישה חודשים בד"כ. גובה ההחזר החודשי יכול לעלות או לרדת לפי שיעור השינוי ביחס דולר/שקל או יורו/שקל. הלווים במסלול זה חשופים לשינויים במטבע חוץ ולכן לווים אשר מסלול זה מתאים להם הם בעיקר לווים שכושר ההשתכרות שלהם תלוי במטבע חוץ הספציפי.